在留資格認定証明書の対象とならない在留資格は、まず、短期滞在については入管法７条の２で対象とならないことが定められています。
また、在留資格認定証明書は、入管法７条１項２号の条件に適合する旨を証明するものでありますから、同号で除外されている在留資格についても、対象となりません。
具体的には、永住者、技能実習のうち技能実習2号と呼ばれるもの、特定活動のうち入管法別表１や告示で具体的に規定されていないもの、定住者のうち告示で規定されていないものが対象となりません。
入管法の定めは以下の通りです。
（入国審査官の審査）
第七条 入国審査官は、前条第二項の申請があつたときは、当該外国人が次の各号（第二十六条第一項の規定により再入国の許可を受けている者又は第六十一条の二の十二第一項の規定により交付を受けた難民旅行証明書を所持している者については、第一号及び第四号）に掲げる上陸のための条件に適合しているかどうかを審査しなければならない。
一 その所持する旅券及び、査証を必要とする場合には、これに与えられた査証が有効であること。
二 申請に係る本邦において行おうとする活動が虚偽のものでなく、別表第一の下欄に掲げる活動（二の表の高度専門職の項の下欄第二号及び技能実習の項の下欄第二号に掲げる活動を除き、五の表の下欄に掲げる活動については、法務大臣があらかじめ告示をもつて定める活動に限る。）又は別表第二の下欄に掲げる身分若しくは地位（永住者の項の下欄に掲げる地位を除き、定住者の項の下欄に掲げる地位については法務大臣があらかじめ告示をもつて定めるものに限る。）を有する者としての活動のいずれかに該当し、かつ、別表第一の二の表及び四の表の下欄に掲げる活動を行おうとする者については我が国の産業及び国民生活に与える影響その他の事情を勘案して法務省令で定める基準に適合すること。
三 申請に係る在留期間が第二条の二第三項の規定に基づく法務省令の規定に適合するものであること。
四 当該外国人が第五条第一項各号のいずれにも該当しないこと（第五条の二の規定の適用を受ける外国人にあつては、当該外国人が同条に規定する特定の事由によつて第五条第一項第四号、第五号、第七号、第九号又は第九号の二に該当する場合であつて、当該事由以外の事由によつては同項各号のいずれにも該当しないこと。以下同じ。）。
２ 前項の審査を受ける外国人は、同項に規定する上陸のための条件に適合していることを自ら立証しなければならない。 この場合において、別表第一の二の表の高度専門職の項の下欄第一号イからハまでに掲げる活動を行おうとする外国人は、前項第二号に掲げる条件に適合していることの立証については、次条に規定する証明書をもつてしなければならない。
３ 法務大臣は、第一項第二号の法務省令を定めようとするときは、あらかじめ、関係行政機関の長と協議するものとする。
４ 入国審査官は、第一項の規定にかかわらず、前条第三項各号のいずれにも該当しないと認める外国人が同項の規定による個人識別情報の提供をしないときは、第十条の規定による口頭審理を行うため、当該外国人を特別審理官に引き渡さなければならない。
（在留資格認定証明書）
第七条の二 法務大臣は、法務省令で定めるところにより、本邦に上陸しようとする外国人（本邦において別表第一の三の表の短期滞在の項の下欄に掲げる活動を行おうとする者を除く。）から、あらかじめ申請があつたときは、当該外国人が前条第一項第二号に掲げる条件に適合している旨の証明書を交付することができる。
２ 前項の申請は、当該外国人を受け入れようとする機関の職員その他の法務省令で定める者を代理人としてこれをすることができる。
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