特別審理官の、上陸の条件に適合しないとの認定に不服がある外国人は、法務大臣（または権限の委任を受けた地方入国管理局長）に対して、認定の通知を受けた３日以内に異議の申出をすることができます（入管法１１条１項）。
異議の申出を受けると、法務大臣は、上陸審査手続きの終局的な判断として裁決を行います（入管法１１条３項）。異議の申出に理由がある（上陸の条件に適合する）との裁決がなされた場合は、上陸許可がされます、異議の申出に理由がない（上陸条件に適合しない）が、特別に上陸を許可すべき理由があると認められた場合、上陸特別許可（入管法１２条）により上陸が認められます。異議の申出に理由がないとされ、上陸許可も認められない場合には、退去命令が発布されます（入管法１１条６項）。
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